えきねっとの定期券の払戻しについてですが、定期券の有効期間が1ヶ月以上ある場合は、発売額からすでに使った月数分（1ヶ月に満たない日の端数は1ヶ月とします）の定期運賃と手数料210円を差し引いた残額を払いもどしします。ただし、払いもどし額がない場合もあることを注意しなければなりません。
≪定期券払いもどしの際の計算方≫ですが、
払戻額＝定期券発売額−（使用済月数×定期運賃）−手数料210円
有効期間開始日から3日以内（JR東日本線相互の定期券、JR東日本線＋JR線以外の鉄道線の連絡定期券は7日以内）であれば、払いもどしの取扱いをしてくれます。
定期券の変更についてですが、定期券の区間を変更される場合は、新たな区間の定期券を購入のうえ、使用経過旬数（10日を1旬として計算）に相当する運賃を差し引いて、差額を払いもどしします。
定期券の払いもどしの際は、本人であることを確認できるもの（免許証など）をもって行かなくてはなりません。代理人の方が払いもどしをする場合には委任状が必要です。
また、定期券を購入した箇所以外でも、定期券発行をしているJRの駅及びみどりの窓口等において払い戻しをします。
ＪＲ東日本のえきねっとでは時刻表や駅情報などを調べることができる便利な機能が無料で利用できますが、時刻表を調べるだけでなくほかにも便利な機能がいくつかついています。
例えば列車の空席案内機能は、今現在乗りたい路線の指定席が空いているかどうかをインターネット上で知ることができます。空席については秒単位分単位で変わるものなので絶対大丈夫というわけにはいきませんが、空いていればそのままえきねっと上で予約することもできるので便利です。
その他にえきねっと時刻表検索コーナーの便利機能としては、遅延証明書の発行サービスがあります。遅延証明書とは、朝の通勤時に交通トラブルで列車のダイヤが乱れてしまい、いつもならば間に合うはずの通勤電車が遅れたせいで会社や学校などに遅刻してしまった方を救済するための書類です。
以前は降車した駅の窓口で遅延証明書を発行してもらいましたが、えきねっとのサイトでは駅に行かなくてもインターネット上で遅延証明書を発行してくれるので、それを印刷すればとりあえず大丈夫ですよね。
えきねっとの時刻乗換案内は、ＪＲや私鉄各線（一部除く）の列車や航空機の発着時刻と乗換案内を調べることができます。
列車に関しては、ＪＲ東日本だけでなく、全国のＪＲと私鉄・地下鉄の時刻表がわかります。
また、検索結果からそのままで「ＪＲ券申込サービス」を利用することができます。申し込みできる路線とできない路線がありますが、検索結果でそのまま「ＪＲ券申込サービス」をできる路線については、「列車申込」などのボタンが表示されます。
このサービスを利用するには、えきねっとに無料会員登録をする必要があります。
日時の指定については、原則として翌々月のダイヤまでえきねっとで検索することができます。ただ注意しなければいけないこととしては、ダイヤ改正の時期に検索時期が重なった場合、うまく検索できなかったりすることがあります。
また、以前検索した時刻表情報も、今は変わっているという可能性があります。時刻表は毎月少しずつ変わっているからです。できる限り毎月チェックしてくださいね。